如何高效设计一篇医学文章（下）
昨天小编为大家分享了“如何高效设计一篇医学文章”的上篇，是不是意犹未尽呢？Bang！今天小编将继续为大家推出下篇，话不多说，马上和小编一起开启学习之旅，快来看吧~
案例1：血浆lncRNA，胃癌，标志物
【文章信息】
1. 发表时间、期刊：2018，J Cell Mol Med(IF 4.499)
2. 发表单位：中国医科大学附属第一医院
3. 临床问题：胃癌早期诊断
4. 研究思路：芯片筛查胃癌患者和健康人血浆中差异lncRNA，qPCR大样本验证候选lncRNA（3个），并用AUC评测灵敏度和特异性。
研究步骤与结果
1. 发现期：芯片筛血浆中差异lncRNA（4 vs 4）
2. 测试期：qPCR检测候选lncRNA在多种GC细胞和培养基中的表达（分泌性）
3. 训练期：qPCR验证血浆中差异lncRNA（100 vs 100）
4.lncRNA训练集与验证集的AUC
升级：
1.108位GC患者划分亚组，配上详尽的临床信息
2.探究三个候选lncRNA与胃癌的关系
拓展：
检测对象可以换成circRNA, miRNA
非编码RNA作为标志物的研究
Circulating LncRNAs Serve as Diagnostic Markers for Hepatocellular Carcinoma. Cell Physiol Biochem 2017;44(1):125-132. (IF 5.104)
Circulating Long Noncoding RNA HOTAIR is an Essential Mediator of Acute Myocardial Infarction. Cell Physiol Biochem 2017;44(4):1497-1508. (IF 5.104)
CircRNA-0004904, CircRNA-0001855, and PAPP-A: Potential Novel Biomarkers for the Prediction of Preeclampsia. Cell Physiol Biochem 2018 May 7;46(6):2576-2586. (IF 5.104)
hsa_circ_0013958: a circular RNA and potential novel biomarker for lung adenocarcinoma. FEBS J 2017 Jul;284(14):2170-2182. (IF 3.902)
Plasma microRNA panel is a novel biomarker for focal segmental glomerulosclerosis and associated with podocyte apoptosis. Cell Death Dis 2018 May 10;9(5):533. (IF 5.965)
miRNA profiling of magnetic nanopore-isolated extracellular vesicles for the diagnosis of pancreatic cancer. Cancer Res2018 May 7. pii: canres.3703.2017. (IF 9.122)
案例2：circRNA表达谱，早期肺腺癌
1. 发表时间、期刊：2017，Cellular Physiology and Biochemistry (IF 5.104)
2. 发表单位：上海第九人民医院
3. 临床问题：肺腺癌早期诊断
4. 研究思路：芯片筛查肺腺癌患者中差异circRNA，qPCR验证，讨论circRNA与miRNA的互作关系
研究步骤与结果
1. 组织病理学检测确认肿瘤分期
2. 芯片筛肿瘤组织中差异circRNA（4 vs 4 ）
3. qPCR验证&Sanger测序验证
4.预测circRNA与miRNA的互作关系
升级：
1.探讨circRNA差异表达的原因
2.探讨circRNA差异表达与肺腺癌的关系
3.实验证实circRNA与miRNA互作关系
4.探讨circRNA作为肺腺癌标志物的可能性
拓展：
换成miRNA或lncRNA
案例3：miRNA，乳腺癌，化疗药物耐受性
1. 发表时间、期刊：2016，Journal of Pathology (IF 7.380)
2. 发表单位：山东大学
3. 临床问题：miRNA在乳腺癌化疗药物耐受性中的作用
4. 研究思路：芯片筛查乳腺癌耐药组与敏感组中的差异表达miRNA，揭示miRNA 在乳腺癌耐药 - 敏感转换中的作用
研究步骤与结果
1. 芯片筛选差异表达miRNA（5 vs 5）分析miR-489与患者生存率的关系
2. 细胞学实验证实miR-489提高化疗敏感性
3. 动物实验证实miR-489可以逆转耐药性
4. 找到miR-489靶基因（SPIN1）
5. 实验显示SPIN1的作用（致癌基因）
6. miR-489-靶基因网络和SPIN1介导PI3K-Akt通路共同逆转耐药性
亮点：
1.大样本量
2.详尽的临床信息
3.丰富严谨的细胞和动物实验
4.与明星通路PI3K-Akt通路关联
升级：
1.换为lncRNA，circRNA
2.m6A在其中的作用？
案例4：血浆代谢组，冠心病，标志物
1. 发表时间、期刊：2016，Journal of the American College of Cardiology (IF 19.896)
2. 发表单位：中国药科大学等多家单位
3. 临床问题：冠心病早期诊断
4. 研究思路：采用液相色谱质谱技术筛查2,324例疑似冠心病血浆中差异代谢物，建立出12组灵敏度高、特异性强的代谢标志物组。
研究步骤与结果
按照不同临床阶段分为5组：
1. 冠脉正常（NCA）
2. 冠脉硬化症（NOCA）
3. 稳定型心绞痛（SA）
4. 不稳定型心绞痛（UA）
5. 心肌梗死（AMI）
样本来自4个中心
1. 鉴定差异代谢物与通路
2. 分析不同冠心病类型中的差异代谢物与代谢相关网络
3. 评估代谢物的临床价值
亮点：
1.样本数量庞大、并有细致分组与详尽的临床信息
2.内部验证+外部验证
案例5：肠道菌群，阿尔茨海默病
1. 发表时间、期刊：2018， Journal of Alzheimer's Disease (IF 3.731)
2. 发表单位：第三军医大学
3. 临床问题：肠道菌群与阿尔茨海默病的关系
4. 研究思路：采用16S rDNA测序筛查阿尔茨海默病患者与健康人的肠道菌群差异，鉴定差异菌群。
研究步骤与结果
1. 测序鉴定AD组与健康组肠道菌群（43 vs 43）
2. 分析AD组与健康组菌群组成
3. 分析AD组与健康组细菌类群差异
升级：
1.菌群差异是AD的因还是果？
2.差异菌群的功能可用宏基因组测序进一步阐释。
拓展：
其他疾病的肠道菌群分析
案例6：FTO，去甲基化酶，致癌
1. 发表时间、期刊：2017，Cancer Cell(IF 27.407)
2. 临床问题：m6A修饰与急性髓系白血病（AML）的关系
3. 研究思路：数据分析和实验证实FTO是急性髓系白血病的致癌基因，m6A-Seq鉴定FTO（去甲基化酶）的靶基因，靶基因补救实验进一步证明FTO致癌机制
研究步骤与结果
1. 通过数据库中芯片数据分析，发现FTO在部分发生重排的AML亚型中上调且通过qPCR和WB验证（FTO在部分AML亚型中显著上升）
2. 在AML细胞中过表达FTO后m6A水平降低，凋亡减少。敲低FTO趋势相反。在K562细胞中FTO敲低和过表达细胞表型不显著。说明FTO对AML具有oncogenic role（FTO能够促进细胞增殖/转化并抑制体外凋亡）
3. 将发生MLL-AF9融合突变的骨髓细胞移植到受体小鼠后，小鼠体内FTO过表达导致m6A水平降低且加速白血病病情恶化导致小鼠存活寿命显著降低（FTO在小鼠模型中能够促进白血病恶化）
4. m6A-seq揭示FTO靶向ASB2和RARA等mRNA。在AML细胞中过表达FTO后ASB2和RARA表达量降低，且AML细胞中敲低ASB2和RARA表型与FTO过表达相似（补救rescue）（m6A测序揭示FTO靶基因）
5.全反式维甲酸（ATRA）治疗后，NB4细胞中FTO显著下调，ASB2和RARA显著上调。FTO过表达后，未分化的NB4细胞数量显著上升。对NB4细胞中的FTO进行敲低，ATRA诱导细胞分化大幅度增强，从而导致未分化的NB4细胞数量大大降低。同样，ASB2和RARA过表达后NB4细胞分化能力增强，这个结果与FTO敲低的实验结果基本一致（细胞中FTO—|ASB2/RARA通路抑制ATRA诱导的细胞分化）
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